Для импорта REG-файлов из командной строки существует команда REGEDIT. Набрав в командной строке
REGEDIT C:\hklm.reg
Вы получите точно такое же диалоговое окно, как при двойном щелчке мыши. Подавить появление диалогового окна можно запустив команду с параметром /S. Именно этот способ чаще всего применяется во время автоматической установки Windows.
REGEDIT /S C:\hklm.reg